Des œuvres du musée sont régulièrement sollicitées en prêt dans le cadre d’expositions. Ces prêts permettent autant d'enrichir la connaissance de la collection, d’offrir l’opportunité de procéder à des interventions de conservation et de restauration, que de renforcer les liens du musée avec des institutions en région, en France et à l’étranger.
Tous les mouvements d’œuvres, qu'ils soient réalisés en interne pour des accrochages ou en externe à l'occasion de prêts, sont soigneusement étudiés afin de réduire au maximum l’empreinte écologique des modes de transport, tout en garantissant conservation préventive et sécurité des œuvres.
En 2026, de nombreux chefs-d’œuvre du musée font rayonner Bordeaux dans les expositions en France et en étranger, à l’instar de la Grèce sur les ruines de Missolonghi de Delacroix à Missolonghi (Grèce), le Portrait de Marie de Médicis de Van Dyck à Utrecht (Pays-Bas), en passant par le Portrait de Sir William Chambers de Joshua Reynolds à Versailles.
